高通量测序

服务内容：

l 基因组de novo测序

 1  基因组DNA提取

 2  构建不同长度的基因组文库

  3  上机测序

 4  数据处理：去除接头序列、污染序列等

5  基因组拼装统计：原始数据统计、测序深度分析、覆盖度统计、GC含量分析等；

6  基因组注释：基因预测、基因功能注释、重复序列分析、nocoding RNA注释等；

7  基因功能分析　GO分析，KEGG通路分析等；

8  比较基因组学及进化分析：物种系统发育树构建、基因家族鉴定、基因共线性分析等。

l 基因组重测序

1  基因组DNA提取

  2  构建基因组测序文库

 3  上机测序

 4  数据处理：去除接头序列、污染序列等

  5  序列比对

6  SNP、 InDel、CNV、SV检测等

l 宏基因组测序

1  基因组DNA提取

  2  构建基因组测序文库

 3  上机测序

 4  数据处理：去除接头序列、污染序列等

  5  宏基因组组装：原始数据统计、测序深度分析、覆盖度统计、GC含量分析等；

6  样品复杂度分析：将测序所得Reads与专业数据库进行比对统计；

7  物种分类：基因预测、相对丰度计算等；

l 真核生物转录组测序

1  RNA提取

2  构建测序文库

3  上机测序

4   数据分析：

　     无参考基因组的转组分析

Ø 基本数据处理（图像识别，碱基识别，测序街头序列过滤，样品污染可能性检测）

Ø 测序数据产量统计，数据成分和质量评估；

Ø Contig及Scaffold长度分布；

Ø Unigene的长度分布，GO分类，功能注释，代谢通路分析，表达差异分析。

有参考基因组的转录组分析

Ø 基本数据处理（图像识别，碱基识别，测序街头序列过滤，样品污染可能性检测）；

Ø 与参考基因组比对后的注释信息；

Ø 基因在基因组上的分布；

Ø 测序深度分布，测序随机性评估，基因差异表达分析；

l Small RNA测序

1  RNA提取

 2  连接接头及纯化Samll RNA

 3  上机测序

 4  数据处理：去除接头序列、污染序列等

  5  样品间的公共序列和特异序列的分析

6  Small RNA 与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比对信息

 7  Small RNA 与重复序列的比对信息（需提供选定参考基因组对应的重复序列注释信息）；

8  Small RNA 与 miRBase 中指定范围的已知的 miRNA 的比对；

9  按照优先级将 small RNA 进行分类注释； 

10 利用Mireap 对没有注释的small RNA 进行预测，预测新的 miRNA ；

11样品间miRNA 差异分析（2个或2个以上样品）和聚类分析（3个或3个以上样品) ；

12  MiRNA 靶基因预测（需要提供基因编码序列）；

l 简化基因组测序

1  基因组DNA提取 酶切 接接头

2  上机测序

3  数据分析

未知参考基因组的信息分析流程

Ø 原始数据整理、过滤及质量评估；

Ø 标记位点分析（标记位点鉴定，SNPs位点与InDel位点鉴定）；

Ø 全基因组关联分析（GWAS）；

Ø 连锁分析和QTL定位；

Ø 种群进化分析。

已知参考基因组的信息分析流程      

Ø 原始数据整理、过滤及质量评估；

Ø 标记位点分析（标记位点鉴定，SNPs位点与InDel位点鉴定）；

Ø SNP单体型图谱分析；

Ø 全基因组关联分析（GWAS）；

Ø 连锁分析和QTL定位；

Ø 种群进化分析。

l 细菌16S rDNA测序

1  基因组DNA提取 PCR扩增

2  上机测序

3  原始数据整理、过滤及质量评估；

4  OTU列表生成及注释；

5  丰度分析（Alpha多样性分析、物种丰度差异分析、聚类分析）；

6  群落结构分析（单样品物种分布、 多样品物种分布、含进化关系的

物种分布、Beta多样性分析）。

服务说明：

1、提供实验材料，其必须保证新鲜，请您采样后立即放入液氮中速冻或加入样品稳定剂。

2、如果提供DNA，我们要对其进行评估。基因组DNA无明显降解，浓度≥500 ng/ul，总量

   大于30μg。

3、如果样品可以用Trigol法提总RNA ，也可以将样品研磨后放在 Trigol中。

4、如果提供RNA，我们需要我们评估请提供浓度≥500 ng/ul，总量≥20 ug 的total RNA样品

   样品请去蛋白并进DNase处理。